Um den Weiterbestand und die Unabhängigkeit sicherzustellen legt die Familie Seiler ihr Unternehmen 2007 in neue Hände. Hansruedi Aggeler und Gabriela Frei Aggeler übernehmen gemeinsam die Mehrheit der Seiler Käserei AG. Neu wird der Verwaltungsrat gebildet mit Hansruedi Aggeler (Präsident), Alois Seiler (Vizepräsident), Gabriela Frei Aggeler, Robert Ettlin und Patrik Seiler. Im Herbst wir die PMO Seiler, die Produzenten Milchverwerter Organisation, ins Leben gerufen. 2008 konnte mit dem Seiler Bratkäse ein Swiss Cheese Award gewonnen werden. Die verarbeitete Milchmenge ist mit 9 Millionen Liter auf einem neuen Höchststand. Im Jahr darauf wird zum ersten Mal Raclette nach Bio Suisse Richtlinien produziert.
Gleich zwei Bundesrätinnen durfte die Seiler Käserei AG 2010 empfangen, als Micheline Calmy-Rey und Doris Leuthard im Rahmen ihrer jährlichen Zusammenkunft der Schweizer Botschafter das Höhlenlager “Pfedli” in Giswil besuchten. In dem Jahr konnte mit dem Sarnerli erstmals ein Seiler Weichkäse einen Swiss Cheese Award gewinnen. 2012 geht bereits der dritte Swiss Cheese Award für den besten Raclettekäse an die Seiler Käserei AG. Der Firmenauftritt wird in dem Jahr komplett überarbeitet und das neue Logo entsteht.
2013 konnte die zweite Kaverne im Höhlenlager “Pfedli” in Giswil ausgebaut werden, dies um beinahe das dreifache Volumen. Neu bietet es Platz zur Reifung für 95’000 Käseleibe. Auch 2014 darf die Seiler Käserei für den Seiler Raclette Classic den Swiss Cheese Award entgegennehmen.
Mit dem Erwerb einer Landparzelle an der Industriestrasse in Giswil sichert die Firma 2016 den Raum für den Bau eines neuen, grösseren Produktionsgebäudes. Der Gewerbeverband Obwalden verleiht der Seiler Käserei AG im selben Jahr den “KMU Anerkennungspreis” für Innovation und besondere Leistungen. Der Seiler Raclette geräuchert gewinnt den Swiss Cheese Award.
